Fotosintezin ikinci mərhələsi olan Qaranlıq Mərhələ və ya Calvin Tsikli olaraq adlandırılan bu proseslər xloroplastın “stroma” adlandırılan hissəsində reallaşır. İşıq mərhələsində yaranan enerji yüklü ATP və NADPH molekulları qaranlıq mərhələdə karbon 4 oksidi şəkər və nişasta kimi qida maddələrinə çevirirlər. Burada qısaca yekunlaşdırılan reaksiya zəncirini anlaya bilmək üçün elm adamları yüz illərlə əmək sərf ediblər. Yer üzündə başqa heç bir şəkildə istehsal olunmayan karbohidratlar, ya da daha geniş mənada orqanik maddələr milyonlarla ildir ki, bitkilər tərəfindən istehsal olunur. İstehsal olunan bu maddələr digər canlılar üçün ən əhəmiyyətli qida qaynaqlarındandır.
Fotosintez reaksiyaları əsnasında fərqli xüsusiyyətlərə və vəzifələrə sahib olan fermentlərlə digər strukturlar tam bir əməkdaşlıq içində işləyirlər. Nə qədər inkişaf etmiş bir texniki təchizata sahib olsa belə dünyadakı heç bir laboratoriya bitkilər kimi işləyə bilməz. Halbuki bitkilərdə bu əməliyyatların hamısı bir millimetrin mində biri böyüklüyündəki bir orqanda meydana gəlir. Saysız müxtəliflikdəki bitki heç səhv etmədən, reaksiya sırasını pozmadan, fotosintezdə istifadə edilən xammal miqdarlarında heç bir qarışıqlıq olmadan milyonlarla ildir gedir.
Bundan başqa, fotosintez prosesi ilə heyvanların və insanların enerji istehlakları arasında da mühüm əlaqə var. Əslində, yuxarıda izah edilən kompleks əməliyyatların xülasəsi bitkilərin fotosintez nəticəsində canlılar üçün mütləq lazım olan qlükozanı və oksigeni əmələ gətirmələridir. Bitkilərin istehsal etdiyi bu məhsullar digər canlılar tərəfindən qida olaraq istifadə edilir. Bu qidalar vasitəsilə canlı hüceyrələrdə enerji istehsal edilir və bu enerji istifadə edilir. Bunun sayəsində bütün canlılar günəşdən gələn enerjidən faydalanmış olurlar. Canlılar fotosintez nəticəsində istehsal olunan üzvi maddələri həyati fəaliyyətlərini davam etdirmək üçün istifadə edirlər. Bu fəaliyyətlər nəticəsində tullantı maddə olaraq atmosferə karbon 4 oksidi xaric edirlər. Amma bu karbon 4 oksid dərhal bitkilər tərəfindən yenidən fotosintez üçün istifadə edilir. Beləliklə, bu mükəmməl dəyişiklik davam edir.
Fotosintez Üçün Lazım Olan Hər şey Kimi Günəş İşığı da Xüsusi Olaraq Nizamlanmışdır
Bu kimyəvi fabrikdə bütün əməliyyatlar baş verərkən, əməliyyatlar əsnasında istifadə edilən enerjinin xüsusiyyətləri də ayrıca təsbit edilmişdir. Fotosintez prosesi bu nöqteyi-nəzərdən araşdırıldığında, reallaşan proseslərin nə qədər böyük bir həssaslıqla hazırlanmış olduğunu görərik. Çünki günəşdən gələn işığın enerjisinin xüsusiyyətləri tam olaraq xloroplastın kimyəvi reaksiyaya girməsi üçün ehtiyac duyduğu enerjini ödəyir. Bu həssas tarazlığın tam aydın ola bilməsi üçün günəş işığının fotosintez prosesindəki funksiyalarını və əhəmiyyətini belə bir sualla araşdıraq:
Günəşin işığı fotosintez üçün xüsusi olaraqmı nizamlanmışdır? Yoxsa bitkilər, gələn işıq nə olursa-olsun, bu işığı qiymətləndirib ona görə fotosintez edə biləcək bir xüsusiyyətəmi sahibdirlər? Bitkilər hüceyrələrindəki xlorofil molekulunun işıq enerjisinə qarşı həssas olmaları sayəsində fotosintez edə bilirlər. Buradakı əhəmiyyətli məqam xlorofil molekulunun müəyyən bir dalğa uzunluğundakı şüaları istifadə etmələridir. Günəş xlorofilin istifadə etdiyi bu şüaları yayır. Yəni günəş işığı ilə xlorofil arasında tam bir uyğunlaşma var.